Dia - same rysowanie diagramów różnego rodzaju
JavaBlock, na tej stronie jest używany nawet:p - ukierunkowane na programistyczne schematy blokowe wraz z symulatorem
Homepage:
http://javablock.sourceforge.net/
Download (najnowsza niestabilna wersja):
http://javablock.sourceforge.net/JavaBlock.jar
instalator:
http://javablock.sourceforge.net/install.jnlp

wymaga Javy 6 (wystarczy ta wersja z repozytorium).
Jak czegoś ci w tym programie brakuje, to pisz:)